PyCharm заставляем terminal работать с virtualenv

Создаем виртуальное окружение как указано в доке.
Путь к окружению должен выглядеть как

<путь к проекту>/.venv

И не забудьте добавить эту папку в .gitignore.

Теперь в корне проекта создаем файл .pycharmrc

source ~/.bashrc  
source .venv/bin/activate

Осталось добавить запуск нашего окружения в настройках Tools -> Terminal.

Прописываем свойство Shell path как

/bin/bash --rcfile .pycharmrc